Die Luftraumkontrolleure die am Morgen des 1. Juni im Tower am Flughafen in Gando arbeiteten waren die ersten die mutmassten, dass mit dem Flug Air France 447 etwas nicht stimmen könnte. Dort gingen die Alarmglocken um 5:20 Uhr los als man im Kontrolltower feststellte, dass der Airbus A330-200 nicht auf den Bildschirmen auftauchte. Dies war ein Flug der oft stattfand und den alle kannten. Die 10 Personen im Tower wurden unruhig wegen der Verspätung des Flugs der um 5:20 Uhr in den kanarischen Luftraum eintreten musste. Ab 5:20 Uhr setzten sie mehrere normale Funksprüche und Notrufe an die Kommandenten des Flugzeugs ab, bekamen jedoch keine Antwort. Der diensthabende Chef des Towers teilte dann diese seltsame Situation an den Militärflughafen mit und bat ob sie ihnen helfen können indem sie auf ihren Bildschirmen nachsehen ob sie das Flugzeug sehen können, aber auch sie konnten den Flug nicht entdecken. Um 5:45 Uhr entschieden sie sich Air France in Paris zu informieren. Auch der Air France gelang es nicht über ihren Langstreckenfunk Kontakt zu dem Flugzeug aufnehmen. Kurz vor 6 Uhr bestätigten Frankreich und Spanien, keine Notiz von dem Flug zu haben, der so oft kanarischen Himmel überflog. Die Mehrheit der Transoceanflüge mit Ursprung oder Ziel Südamerika fliegen über kanarischen Flugraum.