Also bezüglich der NIE hatte ich bereits geschrieben dass, sofern er Spanier ist, er keine NIE braucht. Er ist ja kein Ausländer in Spanien. Die NIE gibt es nur für Nicht-Spanier.
Ob du nun beim Registro Civil ein Libro de Familia beantragen sollst kann ich dir nicht sagen, das musst du selbst entscheiden. Fakt ist aber, dass du dann auf jeden Fall ein Libro de Familia mit dem ehemaligen Nachnamen bekommst und keinesfalls eines mit eurem aktuellen Nachnamen.
Ich an der Stelle würde dort als erstes nach der Möglichkeit der Änderung des Nachnamens fragen bzw. wie lange es dauern würde wenn du als erstes die Verlegung der kompletten Akte deines Sohnes von Mallorca nach hier beantragen würdest.
Auf der anderen Seite ist zu bedenken, dass Sachen des Registro Civils oftmals seeehr lange dauern können. Daher könnte es evtl. auch besser sein zuerst ein Libro de Familia zu beantragen damit du wenigstens schonmal eines in der Hand hast und danach irgendwann die Sache mit der Änderung des Nachnamens in Angriff nimmst, was dann aber bedeuten würde, dass du alles ein zweites Mal machen musst: Wieder ein neues Familienbuch und eine neue Geburtsurkunde beantragen.
Wobei man sagen muss, dass es bis dorthin mit grosser Wahrscheinlichkeit kein neues Familienbuch mehr geben wird, da es abgeschafft wird.
Wie gesagt ich kann das so nicht beurteilen, ich würde die Sache je nach der Reaktion des Beamten im Registro Civil angehen.
Sicher ist es aber erstmal das schnellste nur das Familienbuch zu beantragen, obwohl es dann auf den veralteten Nachnamen läuft.
In Anbetracht der vermutlich längeren Wartezeiten auf einen Kindergartenplatz könnte dies angebracht sein in dieser Richtung mit dem alten Nachnamen zu agieren. Aber wie gesagt, ich kann das so pauschal nicht beurteilen was besser für dich ist.