@ arnold-o,

hier nun die Informationen.
Nachdem die Infos alle nicht zufriedenstellend waren, bin ich in mein zuständiges Centro de Salud gegangen und habe dort direkt gefragt.

Also:
Mit Deinem deutschen Zertifikat und Impfausweis (sofern dabei) und Ausweis oder Pass zum einem Impfzentrum.
Die Wartezeit 3 oder 6 Monate müssen eingehalten werden.
Dort werden Deine Daten kontrolliert und aufgenommen.
Dann bekommst den Booster verpaßt.
Nach 24 Stunden kannst Du in jedem Centro de Salud Dir das EU-Zertifikat der Boosterimpfung abholen.
In diesem Zertifikat ist nur die Boosterimpfung drin, Du hast dann also 2 Zertifikate, Dein deutsches für die 2 Impfungen + ein spanisches für den Booster.