Header und Footer haben auf den Unterseiten immer den gleichen Inhalt.
Wenn Header und Footer.php als solches einwandfrei funktionieren, auf den Seiten wo Du sie haben willst so einbinden:
<?php
include 'header.php';
?>
Inhalt der Seite
<?php
include 'footer.php';
?>
In diesem Bsp. muss die Index, Header und Footer auf der selben Ebene sein.